后世历史爱好者在研究大齐帝国官制时，经常容易犯下的错误是说大齐制度为齐承明制。
从表面上看，齐国官制与前明颇为类似，仔细比较还是有一定差别的。
在中央，以首相替代内阁，六部（礼户吏刑工兵）直接对皇帝负责。
首相授大学士衔（华盖殿大学士、建极殿大学士、文渊阁大学士等），正二品。
设内廷大总管, 东方祝为首任总管，大总管位列十二监、二十四衙门之首，与首相一起，有批红之权。
区别于明制的一点是，武定皇帝对外戚勋贵势力颇为重视，另设成国公头衔, 由外戚勋贵担任，与首相、大总管一样，亦享有奏章批红权。
如此以来, 大齐顶层便形成了相权、宦权（大总管）、皇权、外戚勋贵四权分立的局面。
首相负责对全国事务进行票拟（提出处理意见），大总管与勋贵负责对票拟批红（批准意见，代行皇权），最终诏令下达前，须呈皇帝御览。
大总管下设掌印太监一人，秉笔太监若干，掌印太监统管司礼监，首席秉笔太监掌东厂、镇抚司（蓑衣卫）。
齐中枢设六部（行宫、王宫各一套班子，一实一虚），六部下各设清吏司，其中户部、刑部各十三清吏司。
令设检察院、友爱寺。都察院由前明的都察院发展而来，主掌监察、弹劾及建议。友爱寺掌刑狱案件审理，由前明大理寺发展而来。友爱寺、检察院、刑部因同掌司法，合称中央三司。
此外，大齐废除前明官制六科给事中（即言官）, 废除掌侍从，原先的谏诤、补阙、拾遗、审核、封驳诏旨等职责, 由训导官负责, 御史亦被废除。
在地方，大齐延续从元代便开始施行的行省制，仍旧为省、府、县三级，省府县三级主官由皇帝直接任免，县以下为乡、村，乡村皆为农会、商会选出代表直接管理。
大齐行政机构，远期规划为三京八十一省（包含安南、朝鲜、日本行省），三京为中京（天心城）、东京（平壤）、南京（雅加达）。
八十一省除关内三十六省外、还有辽东四省、蒙古五省，朝鲜三省、倭国十省、安南国六省、真腊国今柬埔寨三省、暹罗国今泰国六省、占城国今越南南部三省、苏门答剌今苏门答腊岛八昔两省、爪洼国今爪哇岛三省、湓亨国今马来半岛两省、三弗齐国今苏门答腊岛巨港三省、渤泥国今文莱两省····
其中，均州（顺天府）一带的直隶府合称直隶。
各省最高行政长官为巡抚，下有承宣布政使司、提刑按察使司和行都指挥使司（合称地方三司）
大齐与前明在军事方面的差别，后文会详细介绍，这里暂时不表。
太初三年三月，武定皇帝颁布诏令，委任原吏部侍郎葛业文为河南巡抚，南明降官路振飞为湖北巡抚，两人在洛阳谢恩后，立即分赴开封、襄阳，走马上任。
为加强对新占领区的统治, 避免大军东征朝鲜期间后院起火, 各府州县的官员都换成开原系老人，一大批从学堂毕业的训导官、商会学徒进入府州县衙门任职。
在大清洗运动中成长起来的农会，凭借着武力支持，架势牢固掌握县以下权力，代替了原先依靠宗法、族长统治乡野的“乡贤”治理体制。
在农会强大攻势下，农村旧制度彻底碾碎。
太初三年春天，武定皇帝在中原、荆襄划了几个圈，一座座崭新的屯堡学校拔地而起。
荆襄流民陆续迁出大山，进入屯堡耕地；各府州县孩童，纷纷入学学习。
按照大齐教育法令，帝国幼童，无论汉苗蒙古女真，无论男女，六岁以上，十二岁以下者，都必须进入学堂学习识字，学习自然科学、军事、地理、等学科知识，当然，也少不了对大齐皇帝、大齐军队的感恩学习。
从儿歌“谢谢你因为有你温暖了四季”到“没有武定皇帝就没有新中华”，武定皇帝三岁能骑马，五岁能杀敌，十岁已经指挥大军作战····
在战兵代表、商会代表，训导官、各科老师敦敦教导下，诸如此类的“真理”，被牢牢镶刻在所有学生脑海深处。
训导官森悌得意洋洋道：“他们（学生）或许会忘记自己姓甚名谁，但绝不会忘了是谁将他们从饿殍中拯救出来，给了他们新生！”
刘招孙对这种狂热的造·神行动，既不反对，也不支持。
一切顺其自然。
孩童所需学费，由翰林院全部承担。
这样做可以将诠释知识的权力，从占人口不到百分之二的儒生士子手中夺回。
谁能掌握识字的百姓，谁就能掌握舆论，谁就能掌握历史。
孩童学成之后，可选择进入工坊当学徒，去军队到辅兵，去探险队探索远方。
太初三年四月，武定皇帝返回辽东前夕，他派勋贵成国公金大久，违命侯朱由校率洛阳官员和工匠，浩浩荡荡，从河南出发前往均州，支援均州新都建造。
四月初八日，太上皇率一众扈向离开河南，向辽东进发。
在营建都城期间，发生了两件灵异事情，准确说都是祥瑞。
当时，营造新京的木料，大都是在四川砍伐的，先在长江上放木排顺流而下，到了汉口这些木排要被截住，然后再顺着汉江运到武当山。
有一根木材很奇怪，到了汉口它不是像别的木头横着浮在水面上，而是直直的站在水面上。
金大久派人官员司马平到水下看，发现这个木材下面还有几尺高，没落到底，觉得很奇怪，就说是神把这个木料留下来，用于天心城的宫殿建筑。最后，均州军民用绳索把这个木料拴着，拖到了工地，作为皇极殿正梁，在后来的《京城瑞应图》里面，有很多船拉着木料从黄鹤楼经过的画面。
第二件祥瑞是这样的，当时工匠从各地到均州，走的多半是水路。
由于齐国开出的工钱很高，人们不惧南明皇帝三令五申不准与齐国交接，还是有人源源不断赶往均州投靠。
湖南湘潭有个百姓名叫刘忠，他带了几只船从湘潭那一带出发，行至光化县，快接近均州时，一个叫羊皮滩的地方，遇到大风暴雨，船就停靠在岸边，突然看到上游一个黑乎乎的东西游下来，他们就用长竹竿把它拨到岸边。一看，是直径两米多的一个大钟，他们都怀疑这是皇宫大钟，就把它献给成国公。
金大久喜出望外，以为祥瑞，把这个钟供在刚刚建起的钟楼里面，并八百里加急将此事禀告太上皇。
此即为祥瑞“水涌洪钟”。
正在返回辽东路上的太上皇，闻听此事，没有表现出一丝欣喜，冷冷道：
“告诉成国公，以后不要再胡乱进献祥瑞，朕派他去均州，是让他好好督工的，不是让他天天整这些花活儿！说再敢教大舅哥这些旁门左道，朕就杀谁！”
一路无话。
经过一个半月的长途跋涉后，四月底，太上皇的行鸾逼近山海关，第十兵团主官郑一石早早得到消息，出山海关十里迎候御驾。
刘招孙对山海关防务颇为重视，此地为连接关内关外的要道，可谓牵一发而动全身，原本历史上李自成最终失败，便和这山海关撇不清关系。
“末将谨遵圣上教诲，一面加强第十兵团训练，一面敦促农会、商会，敦促农户屯田，去年一年，辽西新开荒田地三万亩，可养活······”
郑一石穿着身精良甲胄，黑色的披风遮住了他渐渐隆起的小腹，他带着两名亲兵在前面走，武定皇帝跟着他登上山海关城墙，林宇吴霄李自成三人紧随其后，充满警惕望向四周。
刘招孙认真听完郑一石禀告，又在这位老部下的带领下视察了关内商铺，对郑一石这段时日的表现颇为满意。
五月初，返回辽东。
将近两年的南巡行动圆满结束。
五月七日，太上皇的行鸾由沈阳广积门入城，沿朝阳街，径由午门入皇宫。
顾命大臣钱谦益、周永春等，替代小皇帝出午门迎候，太后杨青儿、金虞姬以及太妃陈圆圆也在人群中。
刘招孙与群臣后妃一阵寒暄，当日便回了皇宫。
次日，太上皇唤来小皇帝，询问刘堪功课学业。
“弟子规，圣人训。
首孝悌，次谨信。
泛爱众，而亲仁。
有余力，则·····
刘招孙取出戒尺，虎视眈眈望向儿子。
“则什么？”
四岁三个月的刘堪睁大眼睛，一脸无辜的望向父亲。
“伸手出来！”
连打两下后，太上皇怒道：“好好背，背不出，今天就不能玩竹蜻蜓了！”
刘堪强忍住悲伤，泪水在眼眶里打转。
金虞姬杨青儿都看不下去，挥退东方祝，两个女人开始指责他太过严厉，刘招孙听了立即反驳道：
“朕三岁便开始读书，熟读道家经典，朕可以，他为什么不能？都是让你们惯坏了！天天只知道玩！”
金虞姬听刘招孙说过他童年的奇特经历，听了笑骂道：“你那读的是什么书？不过小时候是跟着几个武当道士四处鬼画符，骗人吃喝，给死人打待尸（注释1）”
“什么是打待尸？”杨青儿睁大眼睛，好奇问道。
刘招孙面红耳赤，哑口无言。
转眼间，小皇帝到了出阁讲学的年龄，武定皇帝钦定由钱谦益、周永春、汤若望、王时敏、担任帝师。
钱谦益是东林党魁，周永春是齐党头目，两人势如水火，负责教授小皇帝儒家教义，历史经典，王道霸道；
汤若望是来华传教士中学识最高的一批，负责教授小皇帝自然科学知识；
王时敏乃万历首辅王锡爵之孙，南直隶苏州府太仓人，书画了得，负责教授小皇帝书法和绘画；
刘招孙亲自上阵，天天带着刘堪蹲马步，练习八极拳基本招式以及弓马骑射。
在武定皇帝的督促下，帝国的第二位皇帝，从四岁开始，文学艺术科学地理历史体育心理全面发展，为后来成为千古一帝奠定了坚实基础。
注：
1、打待尸：鄂西城乡为亡者“打待尸”的习俗，鼓盆而歌，吟唱《待尸歌》，以寄托对亡者的哀思，起源于楚国屈原《国殇》。《待尸歌》由‘起鼓’、‘正腔’、‘煞鼓’三部分组成，演唱时有固定程式。主要唱一些人活百岁总有一死及神话传说，气氛庄重、肃穆。